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内視鏡が普及する前は盛り上がっているとガンの疑いありとされ、手術になっていました。最近では、２cm程度の浅いものは内視鏡で見ながら電気メスを使って焼き切るポリペクトミーを行うのが一般的です。ポリペクトミーはポリープの首に輪っか状の針金をかけ、その輪を小さく絞ってから通電し焼き切ります。首のあるものだけでなく、首がなく扁平に近いものでも病変とその周囲を少し囲むようにして輪をかければ切り取ることができます。電気を通すため、感電を防ぐ目的で必ずアースをつけます。近年はこのポリペクトミーを少し進歩させ、より大きく深い病変（ガン）を切り取るためにEMR(内視
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鏡的粘膜切除術)という方法が行われるようになりました。これは、大きく切るために、粘膜とその下の筋肉の間に生理食塩水などを注射して、粘膜と筋肉を剥がし、その上で盛り上げた粘膜を針金の輪で囲み、ポリペクトミーを行います。これは、首のあるポリープだけでなく、平べったいポリープが多く見つかるようになったこと、早期の大腸ガンはこのような平べったいものからも出てくることがわかってきたため普及した技術です。また、注射をしたとき腫瘍が筋肉まで達していた場合、うまく持ち上がらないので、腫瘍の到達している深さもある程度想像がつきます。
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