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A:メタボリックシンドロームの概念自体が曖昧な部分が多く、その予防が本当に国民の平均寿命を延ばしたり医療費削減に寄与するのか不明である。
（腹囲 男性８５ｃｍ 女性９０ｃｍが適切かどうかという日本の診断基準などメタボリックシンドローム診断の根幹となる数値自体が国際学会で疑問視されている。）
B:特定健診自体が税金を使った大いなる臨床実験であり、保険者、医療機関は無償でデータ収集させられることになる。医師不足、医療崩壊の時代に医師に対し新たな事務的負担が課されるため現場では悲鳴がが上がっている。また、保険者は本来医療に使うべき保険料から健診料を負担せざるを得ず、本来の医療費に使える真水の部分が減り医療の質を低下させ、医療崩壊を加速する。
C:健診は市場化されデータも電子化されるので、社会保険（健診会社が行う可能性が高い。）を中心に個人情報が漏洩する危険性が高い。
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E：電子化した特定健診のデータは、転職の際に次の保険者へ受け渡されるが、健康を理由とした差別が行われる可能性がある。
F:将来万が一、国民皆保険制度が崩れ、民間の健康保険が一部肩代わりするようなことになると、特定健診のデータはそのまま保険料負担に反映される可能性が高く、著しく公平性を欠くことになる。
G:特定健診のデータやレセプトの電子化は、民間会社の健康保険への参入を容易にするための地ならしを行うことでもある。（もし、財務省も推進側に廻ってるとしたら可能性大。）
H:最後に、国民は本当に自分の健康状態のデータを保険者、健診･保健指導業者、国に握られることを希望しているのか疑問。
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