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口から食道
食物は、口でかみ砕かれ、デンプン分解酵素の唾液腺アミラーゼが混ぜられ食道へ飲み込まれます。食道は食べ物の通り道で、胃の方向へ蠕動運動（食物を順送りする運動）によって胃へ運ばれます。ここまでの臓器の粘膜は、扁平上皮という比較的外力に強い構造をしていますが、胃酸には弱く、すぐただれてしまいます。
胃--主に以下の働きをしています。
１：食物の一時的な貯蔵--食べたものを数時間程度溜めておき、少しずつ十二指腸に送ります。
２：食べ物の消化--胃の蠕動運動や撹拌運動で食物を崩し、タンパク分解酵素のペプシンがタンパク質を大まかに分解します。胃酸（塩酸）は、ペプシノーゲンという不活性体を酵素活性のあるペプシンに変える働きがあります。同時に、口から入った雑菌を酸で殺す消化管の防御装置として働いています。
十二指腸～小腸--消化吸収の中心的な場所です。胃から来た未消化な食物と、アミラーゼやタンパク分解酵素のトリプシン、脂肪分解酵素のリパーゼを含む膵液が出会って、消化が加速されるのがこの十二指腸から
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小腸の上部の空腸です。また、脂肪吸収に必要な胆汁もこの十二指腸に出てきます。デンプンがブドウ糖などに、タンパク質がアミノ酸に、そして脂肪が脂肪酸とグリセリンに分解され、小腸でほとんど全て吸収されます。また、飲んだ水分や消化液に含まれる水の大部分もこの小腸で吸収されます。
大腸--小腸から来た粥状の食物の残りカスの水分を吸収しながら、少しずつ固め、排出しやすい便にしていく場です。出しやすい便になって直腸に溜まってくると、便意を催し排便に至ります。口から入った食物はおよそ丸一日以上かけてここまで来ますが、輸送が早く来すぎると固まり切っていない便（軟便や下痢）になり、時間がかかりすぎるとウサギの糞のようにかちかちに固まって、便秘になります。排便は、肛門を開くのと同時に、マヨネーズを絞るように、腹筋でギューッと直腸を絞り、押し出します。
以上が消化器系の臓器の大まかな働きですが、この働きの行き過ぎや、不足によって様々病気や不具合が起こります。これから述べる消化器病薬は、これらの働きを抑えたりサポートする物質です。
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